Klade Basin Kongo lebih virulen dibandingkan Afrika Barat yang menyebabkan tingkat kematian sekitar 10 persen pada individu yang belum divaksinasi, sedangkan tingkat kematian akibat klade Afrika Barat sekitar 3,6 persen. Laju penyebaran klade Basin Kongo juga lebih cepat dibandingkan Afrika Barat.
MPV merupakan anggota dari famili poxviridae, subfamili chordopoxvirinae, genus orthopoxvirus, dan spesies virus monkeypox.
Anggota lain dari genus ini adalah cowpox, camelpox, dan vaccinia (VV). MPV merupakan satu dari 4 kelompok orthopoxvirus yang patogen terhadap manusia selain (1) virus variola mayor (VARV), merupakan virus penyebab smallpox yang sekarang sudah di eradikasi; (2) virus cowpox (CPV atau CPXV); dan (3) virus variola minor.
Virus variola dan monkeypox memiliki kesamaan secara antigenik dan genetik. Perbedaan kedua virus terletak pada urutan gen-gen virulensi dan variabilitas inang (host).
MPV (galur Zaire 96-I-16) memiliki genom dengan ukuran 10x lebih besar dibandingkan VARV galur Jepang 1951.
Waktu inkubasi cacar monyet sekitar 5-21 hari, ditandai gejala yang tidak spesifik seperti demam (dengan suhu 38,5-40,5 derajat celcius), menggigil, sakit kepala, lesu, asthenia (sangat lemah dan tidak bertenaga), pembengkakan atau pembesaran kelenjar getah bening (limfadenopati), sakit punggung, dan nyeri otot (mialgia).
Sekitar 1-5 hari setelah demam akan muncul lesi pada kulit terutama di bagian wajah kemudian menyebar ke anggota tubuh lainnya seperti telapak tangan dan kaki, membran mukosa mulut, organ genitalia dan konjungtiva (selaput bening dan tipis yang melapisi permukaan bagian putih mata serta kelopak mata bagian dalam).
Lesi berkembang melalui empat tahap, yaitu makula (perkembangan lesi makula), papula (lesi sedikit menonjol), vesikula (lesi menonjol dengan jelas dan berisi cairan), dan pustula (lesi berisi cairan buram dan membentuk depresi pada bagian tengahnya).
Setelah fase pustula akan terbentuk krusta (koreng) yang diikuti deskuamasi (pengelupasan kulit). Pada fase ini penderita sudah tidak menularkan virus ke orang lain.
Lesi dapat menyebabkan bekas luka serta dispigmentasi (hilangnya warna kulit). Lesi menyebar secara sentrifugal dengan batas yang tegas.
Morfologi lesi pada individu yang telah divaksinasi berbeda dengan individu yang tidak divaksinasi.
Pada individu yang telah divaksinasi menunjukkan ukuran lesi yang lebih kecil dan jumlah lebih sedikit.
Infeksi MPV pada individu yang belum divaksinasi dapat berkembang menjadi komplikasi serius seperti infeksi kornea mata yang berpotensi menyebabkan kebutaan, septikemia, gangguan paru (bronkopneumonia), ensefalitis (radang otak), miokarditis (radang otot jantung), proctitis (radang rektum), balanitis (radang organ genitalia), uretritis (radang saluran kemih).
Selain itu, gangguan sistem pencernaan seperti kesulitan menelan, muntah, diare, dehidrasi akut, dan malnutrisi serta rentan terinfeksi bakteri (superinfeksi).
Komplikasi ini menyebabkan tingkat kematian sebesar sekitar 11 persen pada pasien yang tidak divaksinasi dan juga anak-anak.