Pemeriksaan Genome Sequencing untuk Atasi Tuberkulosis Kebal Obat

KOMPAS.com - Organisasi kesehatan dunia menyebut, tuberkulosis merupakan salah satu penyakit menular yang paling mematikan di dunia karena merenggut lebih dari 1,5 juta jiwa setiap tahun.

Saat ini Indonesia berada di peringkat kedua sebagai negara dengan jumlah kasus tuberkulosis (TB) terbanyak di dunia, yaitu 969.000 kasus.

Meski tersedia obat-obatan untuk menyembuhkan TB, tetapi sekitar 1,8 persen pasien mengalami tuberkulosis resisten obat (TB-RO).

Seseorang dapat mengidap TB-RO karena tertular dari pengidap lainnya atau kegagalan pengobatan TB sensitif obat sebelumnya. Akibatnya, pasien TB-RO harus meminum obat yang lebih kuat dari sebelumnya yang menyebabkan sejumlah efek samping.

Inovasi teknologi genome sequencing (pengurutan genome) memungkinkan penyakit TB resisten obat dapat dideteksi secara cepat dan ekstensif, sehingga dokter dapat segera menentukan keputusan pengobatan yang sesuai.

Baca juga: Tuberkulosis Jadi Penyebab Kematian Tertinggi di Indonesia, Menkes Jabarkan Upaya Penanganannya

Tes generasi terbaru

CEO Chief Medical Officer Illumina, Phil Febbo mengatakan, pandemi Covid-19 membawa dampak pada peningkatan kapasitas generasi terbaru genome sequencing, terutama di laboratorium Illumina yang menjadi pemimpin dalam teknologi sequencing DNA dan berbasis array.

"Illumina saat ini memiliki platform yang diperlukan untuk mendukung pengujian resistensi obat TB dan meningkatkan kelangsungan hidup pasien dengan tuberkulosis, penyakit menular yang paling mematikan sebelum Covid," kata Febbo melalui keterangan pers.

Metode pengujian TB standar saat ini berbasis kultur yang memerlukan waktu penyelesaian hingga dua bulan, dan pengujian molekuler konvensional punya keterbatasan dalam mengidentifikasi resistensi obat.

Baca juga: Bagaimana Penanganan dan Pencegahan Penyakit Tuberkulosis?

Menurut Febbo, penggunaan gabungan uji GenoScreen Deeplex Myc-TB dan platform Illumina NGS memungkinkan penentuan profil resistensi obat dan jenis strain TB dengan lebih cepat.

Uji Myc-TB Deeplex menggunakan pendekatan kultur bebas untuk mengidentifikasi mikobakteri TB di lebih dari 100 spesies mikobakteri nonTB, dan untuk memprediksi resistensi terhadap 15 antibiotik. Hasilnya juga sudah bisa diketahui dalam 24 hingga 48 jam secara langsung dari sampel pernapasan primer.

"Sebelum era genome sequencing, diagnosis untuk TB menggunakan pemeriksaan kultur dan butuh waktu sampai 8 minggu karena perlu menumbuhkan Mycobacterium tuberculosis yang memang tumbuh sangat pelan. Karena organisme ini hidup, ada risiko paparan pada petugas di lab," kata Febbo menjawab pertanyaan Kompas.com melalui wawancara tertulis.

Salah satu metode pemeriksaan molekuler lain adalah Polymerase Chain Reaction (PCR). Walau metode ini cepat, tetapi menurut Febbo tes ini hanya mampu mendeteksi 1-2 resisten obat.

Sementara itu, pengujian dengan teknologi sequencing yang ditargetkan dapat dilakukan langsung untuk mendeteksi bakteri TB, mekanisme resistensi obat yang ditentukan, serta 100 jenis mycobacterium non-TB.

Baca juga: Mengenal Manfaat Pengurutan Genom Manusia Bagi Kesehatan

"Genome sequencing adalah metode yang fleksibel dan komperhensif untuk mendukung target WHO untuk mengakhiri epidemi tuberkulosis di seluruh dunia," ujarnya.

Genome sequencing sendiri sudah dipakai secara luas selama pandemi Covid-19 untuk mengidentifikasi virus SARS-Cov-2 serta memberi panduan untuk pengembangan tes dan vaksinasi.

Saat ini genome sequencing sudah dipakai secara luas di banyak laboratorium di seluruh dunia untuk melacak penyebaran penyakit melalui epidemiologi genomik dan juga mendeteksi mekanisme resistensi obat.